Updated list of non-volant small mammals from the Serra da Bocaina National Park, southeastern Brazil / Lista atualizada dos pequenos mamíferos não-voadores do Parque Nacional da Serra da Bocaina, sudeste do Brasil

Abstract In the core of the Atlantic Forest biome, the Serra da Bocaina National Park (SBNP) is located in the Atlantic Forest Southeast area of endemism for vertebrates. Filling gaps in knowledge about the spatial distribution and occurrence of species in national parks is of fundamental importance to know how many species are protected and to guide conservation initiatives. Here we updated the non-volant small mammal species list of the SBNP, providing new data on species list and abundance, with species identified mainly by karyotype and/or molecular analysis. Twelve sampling sessions with a capture-mark-recapture approach were carried out in four sites in the SBNP from 2013 to 2016, during the paving works of the state highway RJ-165 (Estrada Parque Paraty-Cunha), municipality of Paraty, state of Rio de Janeiro, Brazil. Non-volant small mammals (Rodentia and Didelphimorphia) were sampled using Sherman® and Tomahawk® live traps (18,987 trap-nights) and pitfall traps (4,591 trap-nights). Thirty-two species (11 marsupials and 21 rodents) were recorded from 1,185 captured specimens. Species richness ranged from 18 to 28 between sites. Ten and 11 species were exclusively captured in live traps and pitfall traps, respectively. The observed richness (32 species) represented 91.4% of the estimated species richness for the study area. Sites 2 and 4 were the most similar to each other regarding species composition, and site 3 was the most dissimilar. The species with highest relative abundance were Euryoryzomys russatus (14%) and Delomys dorsalis (14%), while six species had relative abundances lower than 1%. Fourteen and 17 species were identified by karyotype and molecular analysis, respectively. The present study added 22 species to the park's non-volant small mammals list, which now has 37 species with confirmed occurrence. This species richness found in the SBNP is one of the highest ever recorded for the group of non-volant small mammals in protected areas of the Atlantic Forest in Brazil, corroborating the Serra da Bocaina region as a biodiversity hotspot.

Resumen No cerne do bioma Mata Atlântica, o Parque Nacional da Serra da Bocaina (PNSB) está localizado na área Sudeste de endemismo para vertebrados na Mata Atlântica. Preencher lacunas de conhecimento sobre a distribuição espacial e ocorrência das espécies em parques nacionais é de fundamental importância para saber quantas espécies estão protegidas e orientar iniciativas de conservação. Aqui atualizamos a lista de espécies de pequenos mamíferos não-voadores do PNSB, fornecendo novos dados sobre a lista de espécies e abundância, com espécies identificadas principalmente por análises cariotípicas e/ou molecular. Doze sessões de amostragem com uma abordagem de captura-marcação-recaptura foram realizadas em quatro áreas no PNSB de 2013 a 2016, durante as obras de pavimentação da rodovia estadual RJ-165 (Estrada Parque Paraty-Cunha), município de Paraty, estado do Rio de Janeiro, Brasil. Os pequenos mamíferos não-voadores (Rodentia e Didelphimorphia) foram amostrados usando armadilhas de captura viva Sherman® e Tomahawk® (18.987 armadilhas-noite) e armadilhas de queda (4.591 armadilhas-noite). Trinta e duas espécies (11 marsupiais e 21 roedores) foram registradas em 1.185 espécimes capturados. A riqueza de espécies variou de 18 a 28 entre as áreas de amostragem. Dez e 11 espécies foram capturadas exclusivamente em armadilhas de captura viva e armadilhas de queda, respectivamente. A riqueza observada (32 espécies) representou 91,4% da riqueza de espécies estimada para a área de estudo. As áreas 2 e 4 foram as mais semelhantes entre si quanto à composição de espécies, e a área 3 foi a mais dissimilar. As espécies com maior abundância relativa foram Euryoryzomys russatus (14%) e Delomys dorsalis (14%), enquanto seis espécies tiveram abundâncias relativas inferiores a 1%. Quatorze e 17 espécies foram identificadas pelo cariótipo e por análise molecular, respectivamente. O presente estudo acrescentou 22 espécies à lista de pequenos mamíferos não-voadores do parque, que passou a contar com 37 espécies com ocorrência confirmada. Essa riqueza de espécies encontrada no PNSB é uma das maiores já registradas para o grupo dos pequenos mamíferos não-voadores em áreas protegidas da Mata Atlântica no Brasil, corroborando a região da Serra da Bocaina como um hotspot de biodiversidade.

Morphological characterization and molecular identification of Colletotrichum species associated to sweet persimmon anthracnose in Southern Brazil / Caracterização morfológica e identificação molecular de espécies de Colletotrichum associadas à antracnose de caqui doce no Sul do Brasil

ABSTRACT: The highlands of Southern Brazil contribute with 40% of Brazilian persimmon production. Although expanding, persimmon production faces major problems caused by anthracnose disease (black spot), including fruit rot and necrosis of leaves. Several Colletotrichum species (C. horii, C. gloeosporioides, among others) are implicated in persimmon anthracnose around the world. To identify Colletotrichum species associated with persimmon anthracnose in the highlands of Southern Brazil, 34 isolates were analyzed by ITS-rDNA partial region, GAPDH, and TUB2 partial gene sequences, morphological characteristics, and virulence on persimmon fruits and leaves. Data showed a high prevalence of C. horii (85.3%), that associated with its high virulence on fruits and leaves, confirm a considerable degree of host preference. Moreover, other species C. aenigma, C. asianum, C. fructicola, and C. nymphaeae, were identified, but the last three ones exhibited low virulence on fruits and were not able to produce symptoms on leaves. As far as we know this is the first reference on C. asianum in persimmon. The present data may contribute to a better understanding of the etiology of anthracnose in sweet persimmon in Southern Brazil, and it will be useful for epidemiological studies and the development of disease management measures.

RESUMO: As terras altas do sul do Brasil contribuem com 40% da produção brasileira de caqui. Embora em expansão, a produção de caqui enfrenta grandes problemas causados ​​pela antracnose (mancha preta), incluindo o apodrecimento dos frutos e necrose das folhas. Várias espécies de Colletotrichum (C. horii, C. gloeosporioides, entre outras) estão envolvidas com a antracnose do caqui em todo mundo. Para identificar espécies de Colletotrichum associadas à antracnose de caqui nas terras altas do sul do Brasil, 34 isolados foram analisados ​​através da região parcial de ITS-rDNA e sequências parciais dos genes GAPDH e TUB2, características morfológicas e virulência em frutos e folhas de caqui. Os dados mostraram uma alta prevalência de C. horii (85,3%), que associada à sua alta virulência em frutos e folhas, confirma um grau considerável de preferência pelo hospedeiro. Além disso, foram identificadas outras espécies C. aenigma, C. asianum, C. fructicola, e C. nymphaeae, mas as três últimas exibiram baixa virulência nos frutos e não foram capazes de produzir sintomas nas folhas. Até onde sabemos, esta é a primeira referência sobre C. asianum em caqui. Os presentes dados podem contribuir para uma melhor compreensão da etiologia da antracnose em caqui doce no sul do Brasil e isso pode ser útil para estudos epidemiológicos e para o desenvolvimento de medidas de controle da doença.

Molecular prevalence and factors associated with Babesia vogeli infection in dogs in the Cerrado Mato-Grossense region of Brazil / Prevalência molecular e fatores associados à infecção por Babesia vogeli em cães do cerrado Mato-Grossense

ABSTRACT: Canine babesiosis is a common haemoparasitosis in Brazil. Caused by parasites of the genus Babesia, it is transmitted by ixodid ticks and affects domestic and wild canids. The objective of this study was to verify the prevalence of Babesia species (spp.) using molecular methods in dogs living in urban and rural areas of Cuiabá, Mato Grosso State, Brazil, and to identify the main factors associated with infection. A total of 407 samples from 407 dogs were evaluated using a polymerase chain reaction (PCR) technique, among which Babesia species (spp.) was amplified in 10 (2.5%). Although, no statistical association was found among the variables studied (p>0.05), greater positivity was observed in dogs<1 year of age, male sex, those with free access to the street, and the presence of ticks. PCR samples positive for Babesia spp. were submitted to sequencing and compared in GenBank and exhibited a high degree of similarity with Babesia vogeli sequences.

RESUMO: Babesiose canina é uma hemoparasitose comum no Brasil. Causada por parasitos do gênero Babesia, é transmitida por carrapatos ixodídeos e acomete canídeos domésticos e silvestres. O objetivo deste trabalho foi verificar a prevalência molecular da infecção por Babesia spp. em cães residentes em áreas urbanas e rurais do município de Cuiabá, estado de Mato Grosso, Brasil, e relacionar os principais fatores associados à infecção. Para a pesquisa foram avaliados 407 cães usando a PCR. Das 407 amostras analisadas, 10 (2,5%) amplificaram DNA de Babesia spp. Não foi observada associação estatística entre as variáveis pesquisadas (p>0,05), porém observou-se maior positividade em cães com idade inferior a um ano, machos, com livre acesso à rua e com a presença de carrapatos. Amostras positivas nas PCRs para Babesia spp. foram submetidas a sequenciamento e comparadas no GenBank, mostrando alto grau de similaridade com as sequências de B. vogeli.

Diversity of yeasts during fermentation of cocoa from two sites in the Brazilian Amazon

The purpose of this study was to identify the yeasts involved in spontaneous fermentation of cocoa from the Brazilian Amazon region. The fermentation process was carried out experimentally with cocoa seeds from two sites (Medicilândia and Tucumã), State of Pará, northern Brazil, during a six-day period. Totals of 44 yeasts were isolated from Medicilândia and 29 from Tucumã. Molecular identification was carried out by sequencing the D1/D2 region fragment of the rRNA 26S gene, expanded with universal primers for the NL1GC and LS2 eukaryotes. Pichia manshurica and Saccharomyces cerevisiae were identified in Medicilândia and five yeast species (Pichia fermentans, P. kudriavzevii, P. manshurica, S. cerevisiae and Zygosaccharomyces bailii) were identified in Tucumã. The results showed that P. manshurica and S. cerevisiae may have potential for use as starter cultures in future studies to improve the quality of cocoa seeds fermented in the Brazilian Amazon region. (AU)

A proposta deste estudo foi identificar as leveduras envolvidas na fermentação espontânea de cacau da Amazônia brasileira. A fermentação foi realizada em Medicilândia e Tucumã, Pará, Brasil, durante 6 dias. Em total foram obtidos 44 isolados de leveduras de Medicilândia e 29 de Tucumã. A identificação molecular foi realizada por sequenciamento do fragmento da região D1/D2 do gene rRNA 26S, amplificado com primers universais para eucariotos NL1GC e LS2. Em Medicilândia, foram identificadas Pichia manshurica e Saccharomyces cerevisiae. Em Tucumã foram identificadas cinco espécies (Pichia fermentans, P. kudriavzevii, P. manshurica, S. cerevisiae e Zygosaccharomyces bailii). Os resultados sugerem que P. manshurica e S. cerevisiae podem ter potencial para uso como culturas starter em estudos futuros, para melhorar a qualidade das sementes de cacau fermentadas na Amazônia brasileira.(AU)

Molecular assessment of Gymnotus spp. (Gymnotiformes: Gymnotidae) fishing used as live baitfish in the Tietê River, Brazil

The capture of live bait for sport fishing is an important activity for fishing communities. The main species used for this purpose are members of the genus Gymnotus, which comprises numerous species of cryptic nature that are difficult to identify based on external morphology. The aims of this work were to identify through partial sequences of the COI gene Gymnotus species fished in the Jacaré-Guaçu River, SP, and to develop a molecular diagnostic approach using PCR-RFLP to identify these species. Partial COI sequences were compared to those of other species deposited in GenBank. The sequences were assessed in the NEBCutter program to determine restriction sites in the sequence and the enzymes to be tested. Phenetic analysis performed by Neighbor-Joining method showed that the specimens sampled belong to two species preliminary identified here as G. cf. sylvius and G. cf. cuia, with G. cf. sylvius accounting for 95.2% of the individuals sampled. The enzymes NlaIII and SacI generated fragments that allowed distinguishing the Gymnotus species using PCR-RFLP. This analysis can be used to accurately identify these species, which is fundamental for monitoring Gymnotus fishing and assessing the conservation of this genetic resource.(AU)

A captura de iscas-vivas para a pesca esportiva constitui uma atividade importante em comunidades de pescadores. As principais espécies utilizadas para este propósito pertencem ao gênero Gymnotus, o qual compreende inúmeras espécies de natureza críptica que dificulta a identificação baseada na morfologia externa. Os objetivos deste trabalho foram identificar através de sequências parciais do gene COI, espécies de Gymnotus capturadas no Rio Jacaré-Guaçu, Ibitinga, SP, e desenvolver um diagnóstico molecular por meio de PCR-RFLP. Sequências parciais de COI foram comparadas com outras espécies depositadas no GenBank. As sequências foram analisadas no Programa NebCutter para determinar os sítios de restrição e definir as enzimas a serem testadas. A análise fenética pelo método de Neighbor-Joining mostrou que os espécimes pertencem a duas espécies identificadas preliminarmente aqui como G. cf. sylvius e G. cf. cuia, sendo que G. cf. sylvius representou 95,2% dos indivíduos amostrados. As enzimas NlaIII e SacI geraram fragmentos que permitiram discriminar as espécies por meio de PCR-RFLP. Esta análise pode ser usada na identificação precisa destas espécies, fundamental na proposição de monitoramento da pesca de Gymnotus na região e para medidas adequadas de conservação.(AU)

Microscopic and molecular identification of foreign matter in food: detection of fraudulent practices Identification of foreign matter: food fraud / Identificação microscópica e molecular de matérias estranhas em alimentos: detecção de práticas fraudulentas

Introduction: The most frequent demands on microscopic food analysis are allegations of consumers finding macroscopic foreign matter or suspecting the presence of undeclared ingredients on products labels. The byproducts and foreign matters detection are fundamental practice for indirectly verifying the conditions of food production. Objective: This study reports the processes of microscopic and molecular identification (PCR) of a foreign matter found in a meat pie after a consumer complaint, occurred in the city of Itapira, state of São Paulo, Brazil. Method: Two distinct procedures were used to identify foreign matter: macroscopic examination, following FDA standards, and polymerase chain reaction (PCR) technique to identify DNA extracted from foreign materials. Results: The macroscopic analysis identified animal taste buds composing the pie fillings, and the PCR test confirmed that they were of bovine origin. Conclusions: Macroscopic analysis and the PCR test allowed the identification of the type of foreign matters and confirmed its bovine origin, what was enough to characterize it as a fraud by the improper use of inferior tissues in the preparation of ready-to-eat pastry.

Introdução: Uma das mais frequentes demandas de análise microscópica de alimentos são denúncias de consumidores que encontram matéria estranha macroscópica ou suspeitam da presença de ingredientes não declarados no rótulo do produto. A detecção de subprodutos e matérias estranhas é uma prática fundamental para verificar indiretamente a condição de produção de alimentos. Objetivo: Este estudo relata o processo de identificação microscópica e molecular (PCR) de uma matéria estranha encontrada em um pastel de carne após queixa de um consumidor no município de Itapira, estado de SP, Brasil. Método: Dois procedimentos distintos foram empregados para a identificação da matéria estranha: exame macroscópico seguindo padrões estabelecidos pelo FDA e técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) para identificação do DNA extraído da matéria estranha. Resultados: A análise macroscópica identificou a matéria estranha como sendo papilas gustativas de origem animal, e o teste da PCR confirmou que as mesmas eram de origem bovina. Conclusões: A análise macroscópica e o teste da PCR permitiram a identificação do tipo de matéria estranha e confirmação de sua origem bovina, caracterizando a fraude pelo uso indevido de tecidos inferiores na preparação de pastéis prontos para consumo.

Isolation and identification of Mycobacterium bovis in bovines with positive reaction to the tuberculin test in the state of Paraíba, northeast Brazil / Isolamento e identificação de Mycobacterium bovis em bovinos positivos no teste de tuberculinização no estado da Paraíba, nordeste do Brasil

In areas where human tuberculosis and bovine tuberculosis coexist, differentiation between M. bovis and M. tuberculosis is important for monitoring the spread of M. bovis among cattle and from cattle to humans. The objective of this study was to isolate and identify M. bovis in bovines with positive diagnosis identified on tuberculin test in the State of Paraíba, Northeastern Brazil. Thirty-two bovines that tested positive in the comparative tuberculin test were used, from which samples of any organ with lesions suggestive of tuberculosis were collected, as well as lymph nodes, when no gross lesions were observed. Samples were submitted to histopathological exam, mycobacterial culture, Ziehl-Neelsen staining and molecular diagnosis. Twenty-one (65.6%) animals presented lesions suggestive of tuberculosis. As to body region 77.7% of lesions were found in the thoracic cavity, 12.4% in the head and 9.9% in the abdominal cavity. Among 55 samples submitted to mycobacterial culture, mycobacteria were isolated in 31 (56.4%), being 13 (41.9%) identified as M. bovis and 18 (58.1%) as Mycobacterium spp. Conclusion is that isolation and identification of M. bovis and Mycobacterium spp. in cattle suggests that humans are exposed to the risk of infection. This reinforces the need for intensification and optimization of prevention and control measures foreseen in the Brazilian National Program for the Control and Eradication of Bovine Brucellosis and Tuberculosis. Mycobacteria isolation and identification surveys are, therefore, encouraged in other Northeastern states.(AU)

Em áreas onde a tuberculose humana e a tuberculose bovina coexistem, a diferenciação entre M. bovis e M. tuberculosis é importante para monitorar a disseminação de M. bovis entre bovinos e destes para os seres humanos. Objetivou-se neste estudo isolar e identificar M. bovis em bovinos com diagnóstico positivo pelo teste de tuberculinização no estado da Paraíba, nordeste do Brasil. Foram submetidos 32 bovinos positivos ao teste de tuberculinização comparativa, dos quais foram colhidas amostras de qualquer órgão com lesões sugestivas de tuberculose, e, nos casos em que não foram observadas lesões sugestivas, foram colhidas amostras de linfonodos. As amostras foram submetidas a exame histopatológico, cultivo micobacteriológico, coloração de Ziehl-Neelsen e diagnóstico molecular. Apresentaram lesões sugestivas de tuberculose 21 animais (65,6%). Com relação à distribuição das lesões de acordo com a região corporal, 77,7% localizavam-se na cavidade torácica, 12,4% na cabeça e 9,9% na cavidade abdominal. De 55 amostras submetidas ao cultivo de micobactérias, em 31 (56,4%) foram isoladas micobactérias, sendo que em 13 (41,9%) foi identificado M. bovis, e nas 18 restantes (58,1%) foi identificado Mycobacterium spp. Conclui-se que o isolamento e a identificação de M. bovis e Mycobacterium spp. em bovinos indicam que os seres humanos estão expostos ao risco de infecção. Isso reforça a necessidade de intensificação e otimização de medidas de prevenção e controle previstas no Programa Nacional de Controle e Erradicação da Brucelose e Tuberculose Bovina. Sugere-se a realização de estudos de isolamento e identificação de micobactérias em outros estados do Nordeste.(AU)

Fibrinous pleuropneumonia caused by Pasteurella multocida associated with bovine lymphoma / Pleuropneumonia fibrinosa causada por Pasteurella multocida associada a linfoma bovino

ABSTRACT: In this work, we describe an unusual case of fibrinous pleuropneumonia caused by Pasteurella multocida associated with generalized lymphadenomegaly in a bovine. The animal had a one-month history of generalized superficial lymphadenomegaly that progressed to anorexia and submandibular oedema, resulting in spontaneous death. At necropsy, the parenchyma of the lymph nodes and multiple organs was obliterated by a dense proliferation of round neoplastic cells (lymphoma). Additionally, the neoplasm presented multifocal areas of haemorrhage and necrosis, characteristic of lymphoma. The parietal and visceral pleura and parietal pericardium were enlarged and covered diffusely with large amounts of a yellowish fibrillary material. The lungs were mildly enlarged, non-collapsed, and firm and exhibited interlobular septae that were thickened with a gelatinous material. Histopathological examination showed that the parietal and visceral pleura were enlarged due to a diffuse and severe inflammatory infiltrate composed of degenerate neutrophils associated with severe fibrin deposition, characteristic of fibrinous pleuropneumonia. Pleura and parietal pericardium fragments were cultivated in aerobic and microaerobic microbiological conditions. Round greyish colonies of gram-negative coccobacilli that were shiny and non-haemolytic were observed in sheep blood agar. The biochemical profile was indicative of Pasteurella spp. Molecular identification was performed by partial 16S rRNA amplification following sequencing. Pasteurella multocida was confirmed as the primary bacterium associated with the bovine fibrinous pleuropneumonia. We are able to infer that the lymphoma caused immunodepression, which increased the animal's susceptibility to atypical infectious microorganisms such as pathogenic P. multocida.

RESUMO: Nesse trabalho, relatamos um caso de pleuropneumonia fibrinossupurativa causada por Pasteurella multocida associada à linfoadenomegalia em um bovino. O animal apresentava aumento generalizado de linfonodos há um mês progredindo para anorexia e edema submandibular por três dias culminando com óbito. Durante a necropsia, tanto dos linfonodos quanto de diversos órgãos evidenciaram proliferação neoplásica de células arredondadas e arranjadas em mantos (linfoma). Adicionalmente, áreas multifocais de hemorragia e necrose, características de linfoma, foram observadas. As pleuras parietal e visceral e pericárdio parietal apresentavam-se espessas e recobertas por acentuada quantidade de fibrina. Os pulmões estavam aumentados, não colabados, firmes e exibiam espessamento com edema moderado de septos interlobulares. À microscopia, cortes da pleura visceral exibiram acentuado infiltrado inflamatório de neutrófilos degenerados com intensa deposição de fibrina, características da pleuropneumonia fibrinossupurativa, além de neovascularização e proliferação de fibroblastos. Amostras de pulmão e da pleura foram cultivadas em aerobiose e microaerobiose. Evidenciou-se o crescimento puro no ágar sangue ovino de colônias redondas, acinzentadas, brilhantes e não-hemolíticas, sendo caracterizadas como cocobacilos gram-negativos. As características bioquímicas do isolado foram condizentes com Pasteurella spp. Procedeu-se a identificação molecular do isolado através da amplificação parcial do gene rRNA 16S com posterior sequenciamento do produto amplificado. Deste modo foi possível a confirmação do isolado como Pasteurella multocida, sendo o agente primário da pleuropneumonia fibrinosa. Com estes dados, podemos afirmar que o linfoma causou um quadro de imunodepressão, a qual aumenta a susceptibilidade dos animais a agentes infecciosos atípicos, como a P. multocida patogênica.

Culture and molecular identification of microorganisms from Digital Dermatitis lesions in dairy cattle: Leptospira, an unexpected finding / Cultivo e identificação molecular de microrganismos isolados de lesões de dermatite digital em bovinos leiteiros: Leptospira, um achado inesperado

Bovine digital dermatitis (BDD) is an infectious and contagious disease characterized by ulcerative and proliferative lesions affecting the skin on the bulbs of the heel or the interdigital cleft in dairy cattle, often associated with lameness. Evidences on the etiology of BDD indicate that it is multifactorial, involving environmental factors and multiple bacterial colonization. We isolated and identified microorganisms from BDD biopsy samples obtained from five Holstein Friesian and two Jersey cows by cultivation and molecular identification of bacterial isolates using 16S rRNA gene sequence analysis. We identified six bacterial species: Spirochetes as Treponema pedis and Leptospira broomi/L. fainei, L. licerasiae/L. wolffii; Corynebacterium appendicis, Cupriavidus gilardii and Enterococcus casseliflavus/E. gallinarum. It was quite surprising to have isolated and identified Leptospira species in three out of seven cultures, from different individual cows and two different farms. The species identified belong to the intermediate pathogenic clade, which is a group found to cause human and animal disease. Our findings indicate the need to further investigate the association of Leptospira of intermediate pathogenicity with BDD lesions and whether its presence would have any veterinary and medical significance both in Leptospirosis and with the pathogenesis of BDD lesions, especially in tropical countries.(AU)

Dermatite digital bovina (DDB) é uma doença infecciosa, contagiosa, caracterizada por lesões ulcerativas e proliferativas da região dos talões e/ou do espaço interdigital, frequentemente associada com claudicação. Evidências indicam que a etiologia da DDB é multifatorial, envolvendo fatores ambientais e colonização polimicrobiana. Relata-se aqui o isolamento e a identificação bacteriana em amostras de biópsias em lesões de DDB, obtidas de cinco vacas da raça Holandesa e duas da raça Jersey, por meio de cultivo e identificação molecular de isolados, com base na análise de sequências de genes 16S rRNA. São identificadas seis espécies bacterianas: as espiroquetas Treponema pedis e Leptospira broomi/L. fainei, L. licerasiae/L. wolffii; Corynebacterium appendicis, Cupriavidus gilardii e Enterococcus casseliflavus/E. gallinarum. O isolamento e a identificação de espécies de Leptospira surpreenderam, destacando-se sua presença em três dos sete cultivos obtidos em diferentes vacas, de duas fazendas distintas. As espécies identificadas pertencem ao grupo tipificado como de patogenicidade intermediária, causador de doenças em animais e no homem. Os resultados apresentados indicam a necessidade de maiores investigações sobre a associação entre Leptospira de patogenicidade intermediária e a patogênese das lesões DDB, investigando-se sua presença e significado nas medicinas veterinária e humana, especialmente em países tropicais.(AU)

Morphological, biochemical, and molecular characterization of Meloidogyne spp. populations from Brazilian soybean production regions / Caracterização morfológica, bioquímica e molecular de populações de Meloidogyne spp. de regiões brasileiras produtoras de soja

ABSTRACT: Soybean is a commodity of great economic importance worldwide, particularly in Brazil, world’s second largest producer. Nematodes, especially those of the Meloidogyne genus, severely limit productivity. Identification of nematode species is important for effective soybean management. Here, 26 populations of root-knot nematode (Meloidogyne spp.) from 15 municipalities in the states of Bahia, Mato Grosso, Goias, and Minas Gerais were characterized based on the morphology of the female perineal region, esterase profile, and identification based on amplification of specific regions of the population genome. Among the Meloidogyne spp. populations obtained, M. incognita and M. javanica, were identified. No mixed populations were present in the samples. Diagnosis based on molecular analysis was shown to be reliable and the fastest for characterization of nematode populations compared to other methods analyzed.

RESUMO: A soja é uma commodity de grande importância econômica em todo mundo, especialmente no Brasil, segundo maior produtor mundial. Os nematoides, em especial os do gênero Meloidogyne, causam grandes limitações na produtividade. A identificação das espécies de nematoides é uma informação importante para o manejo adequado. Neste trabalho, 26 populações do nematoide das galhas (Meloidogyne spp.), provenientes de municípios do estado da Bahia, Mato Grosso, Goiás e de Minas Gerais, foram caracterizados com base na morfologia da região perineal das fêmeas de Meloidogyne spp., seu perfil de esterase e identificação baseada em amplificação de regiões específicas do genoma dessas populações. Entre as populações de Meloidogyne spp. obtidas, identificou-se M. incognita e M. javanica. Não houve presença de populações mistas nas amostras analisadas. O diagnóstico baseado em análise molecular se mostrou mais rápido e confiável comparado ás outras análises.

Identification and characterization of Aspergillus fumigatus isolates from broilers / Identificação e caracterização de Aspergillus fumigatus isolados de frangos de corte

Aspergillosis is one of the main causes of mortality in birds. The pulmonary system is most frequently affected, with lesions observed in the air sacs and lungs of a wide variety of bird species. The aim of this study was to confirm by molecular methods the identification and the genetic diversity of Aspergillus fumigatus isolates of lung's samples from healthy broilers (Galus galus domesticus). Forty-four (9.5%) isolates of lung's samples were confirmed as A. fumigatus by polymerase chain reaction (PCR) multiplex (amplification of ß-tub and rodA gene fragments). Microsatellite typing for A. fumigatus was used to analyse all avian isolates. Among them, 40 genotypes (90.9%) were observed only one time. The results showed a high variability and multiple genotypes of de A. fumigatus collected from lung's samples of broilers.(AU)

Aspergilose é uma das principais causas de mortalidade em aves. O sistema pulmonar de uma grande variedade de espécies de aves é o mais frequentemente afetado, com lesões nos sacos aéreos e pulmões. Objetivou-se confirmar por métodos moleculares a identificação e a diversidade genética de Aspergillus fumigatus isolados de amostras pulmonares de frangos de corte sadios (Galus galus domesticus). Quarenta e quatro (9,5%) isolados foram confirmados como A. fumigatus através de reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex (amplificação de fragmentos dos genes ß-tub e rodA). Todos isolados foram tipificados, sendo quarenta (90,9%) observados apenas uma vez. Os resultados mostram uma alta variabilidade e múltiplos genótipos de A. fumigatus obtidos de amostras pulmonares de frangos, de corte.(AU)

Validation of the multiplex PCR for identification of Brucella spp. / Validação da técnica de PCR multiplex para identificação de Brucella spp.

ABSTRACT: A multiplex PCR technique for detection of Brucella spp. in samples of bacterial suspension was validated as a complementary tool in the diagnosis of the disease. This technique allows the characterization of the agent without performing biochemical tests, which greatly reduces the time for a final diagnosis, and provides more security for the analyst by reducing the time of exposure to microorganisms. The validation was performed in accordance with the Manual of Diagnostic Tests from OIE (2008) and following the requirements present in the ABNT NBR ISO/IEC 17025:2005. The mPCR validated in this study identified the different species of Brucella (Brucella abortus, B. suis, B. ovis e B. melitensis) of bacterial suspension obtained from the slaughterhouse samples, as well as distinguished the biovars (1, 2 e 4; 3b, 5, 6 e 9) of B. abortus in grouped form and differentiated the field strains from vaccine strains, as a quick, useful and less expensive technique in diagnosis of brucellosis in Brazil.

RESUMO: Validou-se neste trabalho uma técnica de PCR Multiplex (mPCR) para detecção de Brucella spp. em amostras de suspensão bacteriana, como ferramenta complementar no diagnóstico da doença. Esta técnica possibilita a caracterização do agente sem que seja necessária a realização de testes bioquímicos, o que diminui consideravelmente o tempo para o diagnóstico final, além de oferecer mais segurança ao analista ao diminuir o tempo de exposição ao agente infecioso. A validação foi realizada de acordo com o Manual de Testes de Diagnósticos da OIE (2008), seguindo as exigências presentes na norma de qualidade da ABNT NBR ISO/IEC 17025:2005. A mPCR validada neste trabalho identificou as diferentes espécies de Brucella (Brucella abortus, B. suis, B. ovis e B. melitensis) em suspensão bacteriana, obtidas a partir de amostras de frigorífico. Além disso, discriminou os biovares (1, 2 e 4; 3b, 5, 6 e 9) de B. abortus, de forma agrupada, e diferenciou cepa vacinal de cepa de campo, sendo esta uma técnica rápida, útil e de menor custo para o auxílio no diagnóstico de brucelose no Brasil.

New isolates of Trichoderma antagonistic to Sclerotinia sclerotiorum / Novos isolados de Trichoderma antagônicos a Sclerotinia sclerotiorum

Abstract Forty-nine isolates of Trichoderma from the Brazilian Midwest were evaluated for their antagonistic activity in vitro against Sclerotinia sclerotiorum (causal agent of white mold), which were then identified based on their nuclear ribosomal ITS sequences. Paired culture tests showed that all isolates exhibited some antagonism, with a maximum of 77% mycelial inhibition and complete inhibition of sclerotia production. Two isolates were found to be the most promising biocontrol agents, considering both antagonistic parameters (CEN1253 - T. koningiopsis and CEN1265 - T. brevicompactum). Five different species were identified: T. harzianum (23), T. spirale (9), T. koningiopsis (8), T. brevicompactum (7) and T. asperellum (2). These isolates are stored in the Embrapa Fungi Collection for Biological Control and the information obtained in the experiments will be incorporated into the database of biological assets within the genetic resources information system (Allele) and be made available for further studies.

Resumo Quarenta e nove isolados de Trichoderma obtidos no centro-oeste do Brasil foram avaliados quanto a sua atividade antagônica in vitro contra Sclerotinia sclerotiorum (agente causal do mofo branco) e identificados com base nas sequências ITS do DNA ribossômico nuclear. Os testes de cultivo pareado mostram que todos os isolados exibiram algum antagonismo, com um máximo de 77% de inibiação micelial e inibição total da produção de escleródios. Dois isolados se destacaram como os mais promissores, considerando ambos os parâmetros avaliados (CEN1253 - T. koningiopsis e CEN1265 - T. brevicompactum). Cinco espécies diferentes foram identificadas: T. harzianum (23), T. spirale (9), T. koningiopsis (8), T. brevicompactum (7) and T. asperellum (2). Estes isolados estão armazenados na Coleção de Fungos para Controle Biológico da Embrapa e as informações obtidas nos experimentos serão incorporadas na base de dados de ativos biológicos, no sistema de informações de recursos genéticos, e disponibilizados para estudos futuros.

Identificação e genotipagem de mycobacterium bovis em bovinos positivos no teste intradérmico para tuberculose em Mato Grosso do Sul / Identification and genotyping of mycobacterium bovis from positive cattle in skin test for tuberculosis in the state of Mato Grosso do Sul, Brazil

Neste estudo, realizou-se genotipagem de isolados de Mycobacterium bovis, provenientes de amostras de tecidos de bovinos positivos no teste cervical comparativo (TCC) para tuberculose em Mato Grosso do Sul, por meio da técnica de spoligotyping. Tecidos de 13 bovinos positivos, oriundos de diferentes municípios do estado, foram cultivados em meio de Stonebrink. As colônias resultantes foram submetidas à coloração de Ziehl-Neelsen e todos os isolados apresentaram características tintoriais de BAAR. Os 13 isolados de BAAR foram identificados por PCR multiplex (mPCR). O gene hsp65 foi alvo para identificação de Mycobacterium spp, a sequência de inserção IS6110 foi alvo para identificação de complexo Mycobacterium tuberculosis (CMT) e a região rvd1rv2031c foi explorada para detecção de M. bovis. Os isolados micobacterianos foram genotipados pela técnica de spoligotyping. Dos 13 bovinos, sete tinham pelo menos uma lesão sugestiva de tuberculose em linfonodos retrofaríngeos, parotídeos e pulmonares ou no pulmão, e em seis não foram encontradas lesões visíveis sugestivas da doença. Na mPCR, 11/13 (84,6%) isolados foram positivos para Mycobacterium spp, 8/13 (61,5%) positivos para CMT e 7/13 (53,8%) positivos para M. bovis. Com base no spoligotyping, oito isolados de BAAR foram agrupados dentro de três diferentes agrupamentos de genótipos e uma amostra remanescente apresentou perfil único, sendo quatro isolados com padrão de espoligotipo SB0121, dois SB1145, dois SB0881 e um SB0140. A técnica de spoligotyping demonstrou que há diversidade genética entre os espoligotipos presentes no estado de Mato Grosso do Sul, embora predomine o perfil SB0121.

Spoligotyping was performed in the present study to genotype Mycobacterium bovis isolates obtained from tissues of cattle that were positive in the comparative intradermal tuberculin test (CITT) in the state of Mato Grosso do Sul (Brazil). Tissue samples from 13 positive cattle from different municipalities of the state were cultured using a Stonebrink medium. The resulting colonies were subjected to Ziehl-Neelsen staining and all isolates exhibited the staining characteristics of AFB. The 13 isolates of AFB were identified by means of a multiplex PCR (mPCR) assay. The hsp65 gene was targeted for the identification of Mycobacterium spp., whereas the IS6110 insertion sequence was targeted for the identification of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) and the rvd1rv2031c region was explored for the detection of Mycobacterium bovis. The spoligotyping assay was performed to genotype mycobacterial isolates. Of the 13 cattle, seven had at least one lesion suggestive of tuberculosis in the retropharyngeal, parotid and lung lymph nodes or lung. The remaining six exhibited no lesions suggestive of the disease. In the mPCR, 11 of the 13 isolates (84.6%) were positive for Mycobacterium spp., 8/13 (61.5%) were positive for the MTC and 7/13 (53.8%) were positive for M. bovis. Based on the spoligotyping, eight isolates were grouped into three different groups of genotypes and one isolate exhibited an orphan type. Four isolates exhibited spoligotype pattern SB0121, while two isolates were associated with the pattern SB1145, another two were associated with pattern SB0881 and one was associated with pattern SB0140. Spoligotyping confirmed the genetic diversity present among isolates found in the state of Mato Grosso do Sul. In addition, SB0121 was confirmed as the predominant profile.

Identificação molecular e suscetibilidade antifúngica de Candida parapsilosis isoladas no Ceará, Brasil / Molecular identification and antifungal susceptibility of Candida parapsilosis isolates in Ceará, Brazil

INTRODUÇÃO: Candida parapsilosis é a segunda ou terceira levedura mais isolada de hemoculturas em várias partes do mundo. É um patógeno comumente isolado no Brasil e no Ceará. Apresenta capacidade de formar biofilmes em cateteres e outros dispositivos médicos e esses fatores contribuem para a disseminação dessa levedura. OBJETIVOS: Identificar e avaliar a suscetibilidade aos antifúngicos de C. parapsilosis isoladas de amostras de sangue e urina de pacientes atendidos em hospitais no Ceará. MÉTODOS: Foram isoladas e identificadas 57 cepas de C. parapsilosis. As cepas foram identificadas por testes fenotípicos e moleculares. A suscetibilidade foi avaliada pelo método de microdiluição em caldo (protocolo do Clinical and Laboratory Standards Institute [CLSI] M27-A3). Foram avaliados cinco antifúngicos (anfotericina B, caspofungina, fluconazol, itraconazol e voriconazol). RESULTADOS E CONCLUSÃO: As cepas foram identificadas como C. parapsilosis por testes fenotípicos e confirmadas pelos testes moleculares. Quanto ao perfil de sensibilidade, elas se mostraram sensíveis aos antifúngicos testados, sendo a resistência ainda um fenômeno raro entre cepas de C. parapsilosis isoladas no Ceará.

INTRODUCTION: C. parapsilosis is the second or third most isolated yeast from blood cultures in various parts of the world. It is a commonly isolated pathogen in Brazil and Ceará. C. parapsilosis is liable to form biofilms on catheters and other medical devices, which contributes to the spread of this yeast. OBJECTIVE: The objective of this study was to identify and assess the antifungal susceptibility of C. parapsilosis isolates from blood and urine samples collected from patients in hospitals in Ceará. METHODS: We isolated and identified 57 strains of C. parapsilosis. The strains were identified by phenotypic and molecular tests. The susceptibility to antifungals was assessed by broth microdilution (Clinical and Laboratory Standards Institute [CLSI] protocol M27A3). We tested five antifungals (amphotericin B, caspofungin, fluconazole, itraconazole and voriconazole). RESULTS AND CONCLUSION: The strains were identified as C. parapsilosis by phenotypic tests and confirmed by molecular tests. As to the sensitivity profile, the strains were sensitive to the antifungal agents, hence resistance is still a rare phenomenon among C. parapsilosis isolates in Ceará.

A new PCR approach for the identification of Fusarium graminearum / Um novo protocolo de PCR para a identificação de Fusarium graminearum

The main objective of this work was to develop a PCR protocol for the identification of Fusarium graminearum, based on a pair of primers targeted to a segment of the 3' coding region of the gaoA gene that codes for the enzyme galactose oxidase (GO). This region has low homology with the same region of GO genes from other fungi. Genomic DNA from 17 strains of Fusarium spp. isolated from diseased cereals, from several other Fusarium species, and from other fungi genera was analyzed in a PCR assay using this primer set. The 17 strains of Fusarium spp. were also analyzed for the GO enzyme production in submerse fermentation in a new formulated liquid medium. All strains that were morphologically and molecularly identified as F. graminearum were able to secrete the enzyme and had a positive result in the used PCR protocol. No DNA fragment was amplified using genomic DNA from other Fusarium species and species of other fungi genera. The results suggest that the proposed PCR protocol is specific and can be considered as a new molecular tool for the identification of F. graminearum. In addition, the new formulated medium is a cheap alternative for screening for GO screening production by F. graminearum.

O principal objetivo deste trabalho foi desenvolver um novo protocolo de PCR para identificação de isolados de Fusarium graminearum, baseado no uso de um par de iniciadores direcionado para um segmento da região 3' codificadora do gene gaoA que codifica a enzima galactose oxidase (GO). Esta região possui baixa homologia com a mesma região de genes da GO de outros fungos. O DNA genômico de 17 cepas de Fusarium spp. isoladas de cereais infectados com sintomas, de vários outras espécies de Fusarium e de outros gêneros de fungos foi analisado em um protocolo de PCR utilizando os iniciadores desenhados. Os 17 isolados de Fusarium spp. também foram analisados para a produção da enzima GO em fermentação submersa em um novo meio líquido. Todas as cepas que foram morfologicamente e molecularmente identificadas como F. graminearum foram capazes de secretar a enzima e tiveram um resultado positivo no protocolo de PCR, utilizando os iniciadores direcionados para o gene gaoA. Nenhum fragmento de DNA foi amplificado quando foi utilizado o DNA genômico de várias outras espécies de Fusarium e de espécies de outros gêneros de fungos. Os resultados sugerem que o protocolo de PCR gerado é específico e pode ser considerado como uma nova ferramenta molecular para a identificação de cepas de F. graminearum. Além disso, o meio líquido formulado é uma alternativa barata para a avaliação da produção de GO por F. graminearum.

Evaluation of the genetic diversity among maize lines (Zea mays L.) by DNA fingerprinting analysis / Avaliação de diversidade genética entre linhagens de milho (Zea mays L.) por analisis de "DNA fingerprinting

Informativo DNA fingerprint profiles of eight homozygotic maize lines were obtained by the electrophoretic separation of DNA restriction fragments and the ir hybridization with the minisatellite probe R18.1. The analysis of the bandsharing frequencies allowed to identify all the lines and to estimate the genetic distances between them. The relationship obtained by DNA fingerprinting analysis of the eight inbreed lines was highly consistem with the ir genetical origin.

Perfis altamente informativos de oito linhagens homozigotas de milho foram obtidos através de análise de DNA fingerprinting, hibridizando-se os fragmentos de restrição com a sonda minisatélite R18,1. A análise de bandas coincidentes permitiu identificar todas as linhagens e estimar as distâncias genéticas entre elas. A relação entre as linhagens obtidas por esta análise é consistente com a origem genética das mesmas.